东京冬天，由于青少年保护条例对未成年人的夜间外出与网络使用的限制，少年们为了追求自由，在背地里持续战斗着。在这其中，有一个名为“萨拉特”的组织存在着。他们的目的是，要挑战在政治财经界拥有巨大势力、事实上支配着整个东京的人物——七原文人。在以网络为武器，收集有关于文人的情报的途中。
他们发现了文人背后的秘密组织“塔”，正实行着对人体做试验的罪行这个事实。为了曝光“塔”的黑幕，“萨拉特”的成员正在地铁里布下陷阱之时，突如其来的异形之物出现，并且袭击了乘客。在这一危机中，手持日本刀与“古物”战斗的少女——小夜现身了。这是在浮岛地区所发生的可怖的事件中，失去了一切的小夜。而另一方面，文人与“塔”采用“古物”正在作一种“实验”。最后因复仇，小夜与文人展开了最终的战斗。