小智一行人依旧在无尽的旅途中前行着。某日，一个巨大的宝可梦忽然从天而降，它的真身竟然是幻之宝可梦波尔凯尼恩！波尔凯尼恩生活在偏僻的尼贝尔高原之上，在那里生活着很多和它一样曾经遭到人类伤害而对人类失去信任的宝可梦们。而如今，波尔凯尼恩为何会出现在此地？它究竟想要做什么呢？
　　一道神奇的无形的锁链将小智和波尔凯尼恩牢牢的锁在了一起，无奈之下，波尔凯尼恩只得带着小智一起前往它的目的地阿佐特王国。在那里，贪婪而又邪恶的大臣贾维斯得到了珍贵的人造宝可梦玛机雅娜，玛机雅娜所拥有的“魂心”隐藏着极为强大的力量。贾维斯企图利用它的力量成为整个国家的统治者。